Nach seinem Studium der Freien Künste und dann der Theologie an der Universität Tübingen als Stipendiat des Evangelischen Stifts 1703 - 1706 wurde Bengel Stiftsrepetent in einer Zeit, als das Stift stark vom Radikalen Pietismus beeinflusst war. Obwohl Bengel sich nie von der Kirche trennte, sondern dort Karriere machte, hat sich diese Prägung stark ausgewirkt, vor allem in seiner intensiven Beschäftigung mit der Offenbarung des Johannes.

Der junge Mann wurde Vikar - unter anderem in Metzingen - und trat nach einer Studienreise nach Halle (Saale) 1713 als Lehrerins evangelische Kloster Denkendorf (Württemberg) ein. Dort beeinflusste er zwei Generationen von Schülern, die als pietistische Pfarrer in Erscheinung traten und eine erhebliche Wirksamkeit innerhalb der Landeskirche entfalteten. 1741 wird er Prälat von Herbrechtingen, 1749 Abt von Alpirsbach, kommt 1747 in den Landtag und wird 1751 Dr. theol. h. c. Von den 12 Kindern, die er mit seiner Frau, Johanna Regina Bengel, geb. Seeger, hatte, erreichten sechs das Erwachsenenalter.

Bengel gilt als der wichtigste württembergische Pietist des 18. Jahrhunderts und tat sich besonders in der Exegese des Neuen Testaments und seinen chiliastischen Endzeittheorien hervor.

1734 erschien eine textkritische Ausgabe des Neuen Testaments, wo er mit der Aussage: "Die schwierigere Lesart ist der leichteren vorzuziehen" am textus receptus festhielt, wie auch an der Verbalinspiration, welche er mit dem Satz begründete: "Die Heilige Schrift wird durch nichts sicherer als durch sich selbst ausgelegt".

1740 erschien die "Erklärte Offenbarung Johannis", worin er aus Apk 20 in chiliastischer und postmillenaristischer Manier den Beginn des ersten eschatologischen Tausendjährigen Reiches für den 18.06 1836 berechnete. Bengel vertrat in der Eschatologie einen Dischiliasmus, d. h. die Auffassung, dass der persönlichen Wiederkunft Christi und dem Jüngsten Gericht ein Zeitraum von zweimal (griechisch "dís") tausend Jahren (vgl. griechisch "dischília éte" = 2 Tausend Jahre) vorausgehen sollte. 1742 veröffentlichte er den lateinischen Gnomon Novi Testamenti, einen um Genauigkeit bemühten Kommentar zu dem Neuen Testament, der den wahren Sinn des Textes aufschließen, aufzeigen sollte ("Gnomon" bedeutet "Zeiger").

Mit Zinzendorf hatte er 18 Jahre lang Streit, wodurch es zu einem Bruch zwischen der Herrnhuter Brüdergemeine und der von Bengel vertretenen Richtung des württembergischen Pietismus kam. In diesem Streit stellte sich Bengel mit seiner klaren systematisierenden Einsicht in den göttlichen Heilsplan gleichsam dogmatisch gegen das dynamische allem Systematischen abholde ökumenisch-missionarische Streben Zinzendorfs. So schreckte Bengel nicht vor chronologischen Manipulationen historischer Kalendarien zurück, was Zinzendorf gleichsam als abergläubische "zeichen-deuterey" abtat.

Noch lange nach seinem Tod wirkten die Gedanken Bengels in Württemberg nach. Freilich wurden sie von einem Teil seiner Anhänger stark umgedeutet. Der Akzent wurde bei diesen in dem Anschluss an Offenbarung 19 auf die dem Beginn des ersten Millenniums vorausgehenden Gerichte gelegt, und sie gingen in dem Gegensatz zu Bengel von einer persönlichen Wiederkunft Christi in dem Jahre 1836 aus. Als in dem frühen 19. Jahrhundert Mißernten und Fehlherbste auftraten und Württemberg in eine schwere Krise stürzte, schienen sich solche Erwartungen zu erfüllen. Darum kam es 1816/17 zu einer starken Auswanderungsbewegung nach Südrussland. Da Palästina wegen der osmanischen Herrschaft nicht zugänglich war, wollte man dem wiederkommenden Christus wenigstens ein Stück weit entgegen ziehen. Aber 1836 blieb die erwartete Wiederkunft aus.

Das Johann-Albrecht Bengel-Haus in Tübingen ist ein Wohnheim für pietistisch geprägte Theologiestudentinnen und -studenten, die ihr Studium an der Universität Tübingen in diesem Geist absolvieren wollen.